在全部场次比赛结束后进行了颁奖仪式，本赛季U-21联赛的诸多奖项被一一揭晓，除最佳射手外，各单项奖由所有参赛队主教练、比赛监督、赛事组委会投票并结合数据结果决定。

最佳射手：刘轶恒（武汉三镇）在2024中国足球协会U-21联赛中，武汉三镇U-21队的刘轶恒共打进19粒进球，荣膺最佳射手。他以出色的表现帮助武汉三镇U-21队斩获了本赛季U-21联赛的冠军。

最佳守门员：张皓然（天津津门虎）在2024中国足球协会U-21联赛中，天津津门虎U-21队的门将张皓然表现优异，截至第21轮，张皓然上演了65次扑救，为本赛季U-21联赛最多，并保持了75%的高扑救成功率。凭借出色的表现，张皓然荣获赛事最佳守门员。

最佳球员：刘诚宇（上海申花）在2024中国足球协会U-21联赛中，上海申花U-21队前锋刘诚宇打进16粒进球，他用犀利的突破和冷静的射门，屡屡为上海申花U-21队打开胜利之门。凭借出色的表现，刘诚宇荣获赛事最佳球员。

最佳教练员：姜坤（武汉三镇）在2024中国足球协会U-21联赛中，武汉三镇U-21队在主教练姜坤的指导下战绩出众，球队在决赛阶段以17胜4平1负的战绩获得最终的冠军，主教练姜坤荣获最佳教练员。

优秀裁判员：郭翔宇、秦鹏、石焱中、冯锡麟、白岂滔、赵增芃、王洋、黄宝胜、李天意、王森威等10名裁判员获得优秀裁判员奖项。

公平竞赛奖：长春亚泰、深圳新鹏城、梅州客家经历了淘汰赛和决赛共六个阶段的角逐，长春亚泰U-21队、深圳新鹏城U-21队和梅州客家U-21队获得公平竞赛奖。期望各支球队能继续坚持公平竞赛理念，弘扬良好赛风。

张皓然、阮景威、李小一、阿卜杜热合曼·阿卜杜克热木、和泉、余彦锋、李漠雨、夏晓曦、张昊、刘轶恒和刘诚宇入选本赛季U-21联赛最佳阵容。